これはおそらくWordの仕様
PandocのWordのテンプレートファイルを調べています。
Pandocが生成する、reference.docxには何点か注意しないといけない点があり、そのうちのひとつがStyleIdがWord文書保存時に変更されてしまう、というものです。これはそのスタイルがcustomStyleでない場合にのみ起こり、保存前にそのスタイル名を変更しておいてもStyleIdは変更されました（スタイル名は保持される）
Pandocで長らくIssueになっていて去年後半で解決した件の元になるのはこのWordの仕様によるものでした。もともとStyleIdは英数字のみのようなので、eastAsia勢にとっては優しくないのですが…。
OOXMLではなくWordの挙動としてどうなのかを見ないといけないのはちょっと大変ですね…。
とはいえ、長らく気になっていた挙動が確認できたので満足…。styleの参照関係を見るときはちょっと工夫が必要そうですね…。
補足
StyleIdがsaveすると変更されるリスクがある（カスタムスタイルの場合は問題ないが）ので、これらを使わないというのも選択肢としてはあり。
— niszet⋈🐈@C97火曜南リ21b (@niszet0) 2020年1月2日
非カスタムスタイルは和名のスタイル名になるので（見出し1とか）StyleIdが変わるのだろうが、スタイル名としてはそれが保存されているわけではないので注意
