対象はタイトル、サブタイトル、日付
どうして今まで気づかなかったのかという感じですが、3.2.1以降のPandoc にカスタムしたreference.docxを使うと、タイトル、サブタイトル、日付のスタイルが適用されないというIssueがあります。
これ、ちょっとややこしいんですが、非英語圏のMS Wordでreference.docxを修正した際、reference.docx内部で管理しているスタイル名（英語）とMS Word上の表示名が一致しないのでファイル内で管理用のidが再度与えられます。
んで、Pandoc 3.2.1からはTemplate機能がWordでも使えるようになったのですが、このテンプレートに書かれているスタイル名はオリジナルのものなので、編集して内部で書き換わったスタイル名と一致しないという問題が起こります。Authorは日本語版でもAuthorで名前変わらず残っているのでそのまま使えるが、他のスタイルはダメよ、ということ。MS Wordで修正して保存しなければ、オリジナルのreference.docx内のスタイル定義と、実際に呼び出しているスタイル名は一致しているので、問題は起こらない。
なので、jgmの環境（英環境）では絶対に再現されず、Issue開きっぱなしになっていたようですね。でも、報告者がかなりしっかり報告していたので、そのデータとこちらでも再現したという事実を説明して状況的には確認出来たようです。
修正は私には難しいがjgmは簡単そうって言っているから、大丈夫じゃないかな…Haskellは難しいからね…（記号が覚えられないので）
