一応書いておく
ちょっと前のissueですが、Pandocでテンプレートを出力する--print-default-data-fileを使う際に pandoc --print-default-data-file reference.docx > custom-reference.docxで出力するとファイルが壊れることがあります（下記issue）
この回避方法として、>で出力先をファイルに変更するのではなく、-oオプションを使って出力先ファイル名を指定することでこの問題を回避できるようになりました。
まぁ実際のところテンプレートを --print-default-data-fileで出力すると抜けるスタイルがあるのでおススメしないですが…（これissueに上げておくべきなのかな…といっても誰も困ってなさそう）
他の形式、たとえばodtやpptxも、-oで出力した方が良いでしょう。