どういうことなの…？
RStudioはKnit後に出力されたファイルを自動で開いてくれます。コレは確かに便利なんですが、開いてほしくないときもアリ、これは制御できるようにしてほしいなぁと思う点ではあります。
さて、掲題の件です。問題は、odt_documentで生成したODTファイルがMS Wordによって開かれてしまうという点です。Windowsでは拡張子ごとにそれを開くアプリを関連付けられるので、当然（？）.odtについてはLibreOfficeにしているわけですが、RStudioでKnitするとMS Wordで開かれてしまいます。
docx形式についてはMS Wordが事実上の標準なのでこれで開いて得られるレイアウトが正で良いと思いますが、odt形式はLibreOfficeの方が正ではないかと思う次第です。
RMarkdownから生成したodt形式の文書はMS Wordで開くとレイアウトが崩れています。LibreOfficeで見て問題ないか確認をする方が良いでしょう。
ということで、特に解決策もないのですが、こういうことがあるよっていう記録です。issue上げても良いかもしれないんですが、そもそも使ってる人いないんじゃね？っていう気もするのでね…
