今のRStudio (preview版じゃない）であれば、1.9のはずです
色々調べごとしていて見つけたので。Yihuiさん曰く、そろそろPandoc 2.xにしても良いかもね。Pandocに依存したパッケージが大体対応しているみたいだしという感じのことをブログに書いていました。
実際に最新のRStudio のpreview版ではPandoc は2.2.1がbundleされているとのこと（なので、別にインストールする必要はないようだ）
で、早速試してみたんだけど、win版、ツールバーが表示されないような…バグ？？ちょっと他環境とあわせて調べてみる予定です。
Enjoy!!
