ggridgesでプロットするよ
(1つの記事に色々盛り込むのでトピックが安定しませんね…。)
さて、RMarkdownには色々な機能がありますが、パラメータ渡すことも出来ます。
rmarkdown.rstudio.com
これによって、テンプレート化したRmdに対して、色々とパラメータを変えてレポートを作成することが可能です。
使用例はこちらの@tomotagworkさんの記事が詳しいです。
R Markdownによるレポート生成
ちょっと実際にやってみましょうか。
下記のコードをiris_child.Rmd
として保存します。例によって/
はハイライト対策です。使うときは削除してくださいね。
---
title: "plot iris in RMarkdown with params"
author: "niszet"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
params:
x: "Sepal.Length"
---
/```{r setup, include=FALSE}
library(tidyverse)
library(ggridges)
/```
/```{r}
iris %>% ggplot()+geom_density_ridges(
aes_string(x=params$x,y="Species", fill= "Species",
point_color="Species", point_fill="Species"),
position="raincloud", jittered_points=TRUE, alpha=0.3, scale=0.4)+
theme_bw()
/```
これで、
のように表示されます。いい感じですね。これは、YAMLヘッダ部分にparams:
と x: "Sepal.Length"
と書いてあるので、実行時にparams$x
が"Sepal.Length"
に置き換わって実行されます。aes_string()
は引数を文字列で受け取るタイプのaes()
です。これもid:yutannihilationさんに教えていただきました。
ちなみに、tidyeval
は来月リリースのggplot 2.3.0から使用できるようです。備えよう。
なお、tidyeval
に対応しているかどうかを知る方法はないようです。helpとか読むしかない。(deprecatedもそうですよね)
こういう方法もあるとのこと。
話がそれました。この、パラメータ部分は実行時に書き換えができます。Knitのボタンの▽を押すと[Knit with Parameters]が出てくるので、
押すとデフォルトのパラメータが入った状態で下記のような入力画面が出ます。これを下記のように書き換えて
knitを押すと
このように。ちゃんと横軸が変わっていますね(しかも、タイトルも変わっているのです。詳しくはコードを眺めてみてください)
階層化の話
さて、これを親から呼んでみます。環境を別に渡しても良いし、そのまま呼んでも良いですが。今回は環境を与えます。
---
title: "plot iris in hierarchical RMarkdown with params"
author: "niszet"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
---
/```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
options(knitr.duplicate.label = 'allow')
/```
/```{r}
envir <- new.env(parent = parent.frame())
params <- NULL
params$x <- "Petal.Length"
envir$params <- params
knitr::asis_output(knitr::knit_child("iris_child.Rmd", envir=envir, quiet=TRUE))
/```
これをknitすると、
こんな感じになります。なお、envir$params
として与えていますが、コレは必須です。具体的に書かれているところを確認していませんが、子Rmdとして呼ばれる場合はyamlヘッダ内の宣言は無視されるのだと思います(そうしないとスタイルが統一されないし、まぁそうなのかなーと)
前回、
niszet.hatenablog.com
で階層化して変数のやり取りをする際には環境を与えた方が良いという話をしましたが、子Rmd側では「どの変数が親から与えられる変数かわからない」「子Rmdを単体でKnit出来ない」という問題がありました。今回のように、params
として与えることで、単体の場合はYAMLヘッダ内(あるいは実行時オプション)で値を与え、階層化する場合は親からparams
というパラメータのリストを受け取ることでこのあたりのIFを統一し、どの変数が他所から与えられる(と期待している)かが明確になります。
階層化するメリットについては次回書きます。まぁ、上記のようにテンプレート化した子Rmdをパラメータを変えることによってその書式を統一したまま使いまわせるってだけで目新しい内容ではないんですが…
Enjoy!!