階層化するモチベーションはどこにあるのかということで。

さて、RMarkdownの階層化の話の続きです。

RMarkdown、基本的には1つのファイルに収めておいた方があっちこっち見に行かなくて良い分、管理は楽になります。

しかし、コード1000行を超えてくるあたり¹で厳しさを感じるようになります。
特に、同じような図を作成するようなケースではコードのコピペが横行しがち²で、ちょっとしたフォーマットをいじるときにも数十か所を頑張って修正するという苦行が発生したりします。

よく言われるように、同じコードが3回出てきたらまとめましょう。Rのコードなら関数、関数のまとまりならパッケージ、RMarkdownのチャンクなら階層化したRMarkdown、といった感じですね。

さて、実際にやってみます。前回からちょっと変えています。まずはiris_child.Rmdの方。

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title: "plot iris in RMarkdown with params"
author: "niszet"
date:  "`r Sys.Date()`"
output: html_document
params:
  x: "Sepal.Length"
---

/```{r setup, include=FALSE}
library(tidyverse)
library(ggridges)
/```

## plot of `r params$x`
/```{r echo=FALSE, message=FALSE}
iris %>% ggplot()+geom_density_ridges(
  aes_string(x=params$x,y="Species", fill= "Species", 
             point_color="Species", point_fill="Species"),
  position="raincloud", jittered_points=TRUE, alpha=0.3, scale=0.4)+
  theme_bw()
/```

次に親の方ですが、iris_parent.Rmdというファイル名で

---
title: "plot iris in hierarchical RMarkdown with params"
author: "niszet"
date:  "`r Sys.Date()`"
output: html_document
---

/```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
options(knitr.duplicate.label = 'allow')
/```

# Plots of iris {.tabset}
/```{r echo=FALSE, message=FALSE}
envir <- new.env(parent = parent.frame())
envir$params <- NULL
out <- NULL
xs <- c("Sepal.Length", "Petal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Width")
for (xx in xs){
  envir$params$x <- xx
  out <- c(out, knitr::knit_child("iris_child.Rmd", envir=envir, quiet=TRUE))
}

knitr::asis_output(out)

/```

のようにしてみます。前回との違いは、呼び出し側でforのループがあります。で、envir$params$xに"Sepal.Length", "Petal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Width"を順に送り込んでいます。
また、親の方にh1のレベルでPlots of irisと書いて、tabsetの指定をしています。これは

rmarkdown.rstudio.com

にあるように、#のレベルで見て下位のレベルのセクションをタブ化してくれるというものです。これは実物を見た方がわかりやすい。

そんなわけで、親RmdでKnitしますと、

f:id:niszet:20180528132432p:plain