出力時に欲しいんだけど、外部コマンド使うのでPandocとしてはNGなんだよね。
ということで、今欲しい物の逆である、Word中にZoteroの機能で埋め込んだ引用文献情報をPandocの内部データ構造としてPandocが扱えるようになったようです。MS Wordのネイティブ機能の文献情報は･･･？（使いにくいから誰も使ってないのかなやっぱり）
この機能はPandoc 2.18、今年の4月以降のリリースで使えるようです。
マニュアルはこちら↓。拡張（extension）のcitationを有効（+citationする）にしていると使える。無効（-citation)の場合は地のテキストになるみたい。
対応するIssueはこれですね。
対応するPandocのコードはこのあたり。
これZoteroの仕様が変わったらどうするんだろう。まぁあまりなさそうかな。完成してそうだもんね。
だもんで、一旦Wordに入れたZotero形式？の文献情報はPandocで取り出せるコトが確認出来ました（実際に実行はしていないけど）ので、やはり本命はこれかな。あとはPandocのMarkdownからdocxへの変換の実行時にWordにZoteroの機能で埋め込むことが出来れば、ユーザのリスクとしてやってね～で出来そう。やってみよう。
ようやく着地点が見えてきました･･･
