とても今更ですが。
どこのOSSもそうだとは思いますが、仕様の全容はREADME/Manualではつかめず、更新履歴を追っかけていく必要がある場合がありますね。
以下引用。
Fix bookmarks to headers with long titles (#5091). Word has a 40 character limit for bookmark names. In addition, bookmarks must begin with a letter. Since pandoc’s auto-generated identifiers may not respect these constraints, some internal links did not work. With this change, pandoc uses a bookmark name based on the SHA1 hash of the identifier when the identifier isn’t a legal bookmark name. Add bookmarks to code blocks (Nikolay Yakimov). Add bookmarks to images (Nikolay Yakimov). Refactor common bookmark creation code into a function (Nikolay Yakimov).
ブックマーク回りが変わったようですね。コードブロックと画像にもブックマークがつき、長いタイトルの場合にブックマーク名が40字を超えないようにする、ブックマークの命名規則にpandocのリンク名が沿っていない場合はSHA1のハッシュを使うようになっているようですね。
そんなわけで、docx出力する場合は2.5を使った方が良いんじゃないかなーと思います。
まぁ、Word上でブックマーク機能どの程度使われているのかわからないのですが…。
